当前位置 博文首页 > 【华智产品汇】华智硬核力：高中低不同密度分型技术全覆盖_平安
分子育种的“硬核”?— 基因型分型技术
分子标记检测是通过基因型分型技术将同一标记位点3个不同的基因型(比如A/C SNP位点，其3个基因型分别为纯合AA、杂合AC、纯合CC)区分开来，也称基因型分型。高通量、低成本的SNP标记分型技术体系被称为分子育种的“硬核”。
工欲善其事，必先利其器。华智生物装备了世界一流的Array Tape和SNP line SNP分型平台、 Affymetrix ?Gene Titan SNP芯片分型平台以及主流 Illumina 测序平台。SNP分型技术平台设备齐全、通量大、产品线丰富，可满足客户对高、中、低不同密度分型技术在动植物遗传研究和分子育种中各种应用场景的需求。
01
低密度SNP标记检测：KASP分型
技术原理
KASP(Kompetitive Allele-Specific PCR)，即竞争性等位基因特异性PCR，可在广泛的基因组DNA样品中，对SNPs和特定位点上的InDels进行精准的双等位基因判断。该技术是基于引物末端碱基的特异匹配来对SNP分型和InDels检测。
KASP技术与TaqMan法类似，都是基于终端荧光信号的读取判断，但它与TaqMan技术不同的是，它不需要每个SNP位点都合成特异的荧光引物，它基于独特的扩增子拯救多重PCR原理(amplicon rescued multiplex PCR，arm-PCR)，所有的位点检测最终都可以使用通用荧光引物进行扩增，既有准确度，又降低了成本，更具SNP位点适用性，因此在医学、农学检测方面KASP技术都有很好的应用潜力。
应用场景
??目标基因检测
??主效基因/QTL有利基因型的选择
? 回交背景选择
??主效基因/QTL轮回选择
??低密度的遗传多样性评估
??F1真假杂种区分
??去连锁累赘或连锁累赘最小化
??品种真实性鉴定
??种子遗传纯度检测
??基因定位
服务内容
? 提供不同物种低密度(少于150)SNP标记高通量检测服务。
技术优势
收费标准
数据点≤10000：1.5元/数据点；
10000
数据点≥50000：1.0元/数据点；
数据点≥200000：0.8元/数据点。
技术流程
LGC SNP Line 基因型分型平台
LGC平台是中等通量的基因分型平台，主要包括DNA分板、PCR体系构建、盖膜、水浴PCR、扫描、数据质控五个部分。
Array?Tape 基因型分型平台
Array Tape平台包括DNA分膜、PCR体系构建、水浴PCR、扫描和数据质控五个部分。
成功案例
华智生物的Array Tape基因分型平台通常每日的检测量均为10000数据点(100样品×100标记)以上。
华智生物通过分子标记导向的主效基因选择为客户从3036个F2单株中筛选出566株含有Pi2纯合抗稻瘟病基因的单株。从播种、单株挂牌、叶片取样、DNA提取到SNP标记分型，一共用了21天，且准确性＞99%。相对于传统的室内接种抗性鉴定，要两个世代约200天的时间，且抗性鉴定易受到环境的影响而接种失败导致假阳性，准确性只有80%左右。
02
中密度SNP标记分型：mGPS
技术原理
针对基因组中多个不同目标位点进行特异性引物设计，通过创新优化的多重PCR体系，实现同时对数以千计的目标位点在同一个PCR反应体系中进行特异性扩增，然后对PCR扩增子进行测序文库构建和二代测序，从而获得不同目标位点的基因型。
应用场景
??科研人员
? 种质资源多样性评估与聚类分析
??全基因组关联分析
??遗传图谱构建
??基因定位
??育种人员
??育种材料的遗传多样性评估与组合选配
??回交背景选择
??品种真实性鉴定与确权
服务内容
??根据您心仪的任何物种、应用场景需求，个性化地定制适合特定遗传背景材料的标记组合；
??开发满足您的应用需求、任意数量标记(200-2000个)、高性价比、用得起、用得好的mGPS；
??满足您变化的应用需求，随时调整标记的数量或标记组合；
??为您提供高质量的生物信息分析服务。
合作模式
??本着开放合作、共担共赢的原则，华智生物将与合作伙伴共同承担定制mGPS的研发费用；
??华智生物将与合作伙伴一道共同拓展定制mGPS的用户群和应用场景，实现利益共享；
??相对于普通客户，华智生物将为定制客户后续基因型分型业务提供更加优惠的价格；
??具体的研发合作费用将根据物种类别、样品数量和标记数量，按个案原则面议。
技术优势
收费标准
??水稻1000重mGPS参考价格：
样品量 ≤ 96：105元/样品；
97 ≤ 样品量 ≤384：95元/样品；
385≤样品量≤1536：90元/样品；
样品量≥1537：80元/样品。
? 其他mGPS产品根据物种类别、样品数量和标记数量，按个案原则面议。
技术流程
03
高密度SNP标记分型：SNP芯片
针对高密度的SNP检测，基于DNA杂交技术的基因芯片，具有快速、高通量的优势。每张芯片上可规则排列着成千上万个探针, 只需通过一次杂交就可以实现同时对众多SNP位点的筛查, 显著提高了检测效率。
华智生物与中国农业科学院黎志康老师团队合作开发的56K 水稻SNP芯片，可以同时检测384个水稻样品覆盖全基因组的56000多个SNP标记。
技术原理
基因芯片也称DNA芯片是DNA杂交探针技术与半导体工业技术相结合的技术成果。基因芯片将大量DNA探针分子固定于支持物上，然后与带荧光标记的待测样品的DNA分子进行杂交，通过检测每个探针分子的杂交信号强度进而获取样品DNA分子的数量和序列信息。
应用场景
??遗传多样性深度分析
??杂种优势群划分
??高密度DNA指纹图谱与品种确权
??遗传群体的基因/QTL定位
??自然群体的全基因组关联分析
??全基因组选择
技术优势
??标记完善
4700多个功能SNP与已知的2300多个水稻功能基因紧密连锁。
??信息齐全
具有完整的基因组序列信息、SNP探针物理位置和遗传位置信息。
??结果稳定
每次芯片检测都有标准样品作为对照，质控样品重复率在99.72%-99.89%之间。
技术流程
案例分享
水稻56K芯片是华智生物与中国农业科学院作物科学研究所利用二代测序技术对来自全球89个国家和地区的3,024份水稻样品进行了全基因组重测序，以日本晴MSU7.0为参考序列，使用GATK进行SNP检测，并通过生物信息学筛选和芯片预实验，最终优化精选出56,897个SNP标记。
利用该56K SNP芯片，我们对某种业企业客户的190份育种材料进行全基因组检测分析后发现，检测材料主要集中在某个核心亲本周围，建议客户引入遗传差异更大的亲本，扩大亲本遗传距离，提升杂种优势潜力。
华智生物利用水稻56K芯片承担国家科技部重大专项“水稻品种DNA身份鉴定体系构建”的研发任务，为5000份水稻品种绘制DNA指纹图谱，制定“品种身份证”。
育种材料的遗传多样性深度评估
? 猜你想看?
【华智技术贴】SNP分型与分子育种：点与面
【华智产品汇】 绘制基因组的“百度地图”：标记开发
如果您有任何问题需要咨询
请关注公众号留言
或者直接联系我们
领先的国家级种业关键共性技术平台
品牌运营:? 187-1713-2353
市场营销:? 0731-88849090
公司邮箱：Huazhi@wiserice.com.cn
市场邮箱：Customer@wiserice.com.cn
公司地址：湖南省长沙市芙蓉区合平路618号(人民东路与合平路交汇处东南角)
点“在看”给我一朵小黄花
