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    weixin_34061042的博客：分子生物学数据库和软件

    作者：[db:作者] 时间：2021-08-14 12:04

    核酸数据库　
    EMBL Database欧洲分子生物学实验室（European Molecular Biology Laboratory ）核酸序列数据库，为欧洲最主要的核酸序列数据库，世界两大核酸数据库之一。目前此数据库由其分支机构—EBI（the European Bioinformatics Institute，欧洲生物情报研究所）维护。
    GenBank美国国家生物技术情报中心（NCBI，National Center for Biotechnology Information）基因序列数据库。美国最主要的核酸序列数据库，世界两大核酸数据库之一。
    DDBJDNA database of Japan (Mishima)，位于日本的核酸序列数据库，为亚洲主要的核酸序列数据库。
    HIV DatabaseHIV序列数据库。
    IMGTImMunoGeneTics数据库含有与免疫系统有关的核酸序列数据。
    dbEST序列表达标记数据库（Expressed Sequences Tags）。
    BERLIN5S rRNA 数据库。
    EPD真核启动子数据库（Eukaryotic Promoter database）
    蛋白数据库　
    SWISS-PROTSWISS-PROT 蛋白序列数据库，由日内瓦大学医学生物化学系（the Department of Medical Biochemistry of the University of Geneva ）与EMBL（European Molecular Biology Laboratory，欧洲分子生物学实验室）共同维护，是欧洲最主要的蛋白序列数据库，世界两大蛋白序列数据库之一。直接下载Swiss-Prot蛋白数据库41版，压缩版，85.7M。英文用户手册及中文用户手册20K, 文本文件格式，希望对大家使用SWISS-PORT数据库有所帮助。均已放在生物软件光盘5中。
    PIRPIR（Protein Identification Resource）蛋白序列鉴定数据库，由美国国家生物医学研究基金会（National Biomedical Research Foundation)维护。是美国最主要的蛋白序列数据库，为世界两大蛋白序列数据库之一。
    PDBBrookhaven蛋白序列三维立体结构数据库。
    PROSITE蛋白特征序列字典。
    ENZYME蛋白酶数据库。
    REBASE限制酶数据库。
    HSSP同类二级结构蛋白（Homology-derived secondary structure of proteins ）数据库。
    BLOCKS蛋白序列块数据库（Protein Blocks Database）。
    KABAT具有免疫学重要性的蛋白数据库（Database of Proteins of immunological interest）。
    OMEGA 蛋白结构信息数据库（protein structural information）。
    TMBASE跨膜蛋白数据库，包括一些预测工具。
    基因组数据库　
    gdb人类基因组数据库。
    DICTYDB盘基网柄菌（Dictyostelium discoideum ）基因组数据库。
    EcoGene大肠杆菌（Escherichia coli）K12基因组数据库。
    FLYBASE果蝇（Drosophila ）基因组数据库。
    MAIZEDB玉米基因组数据库。
    SGD酵母菌（Saccharomyces）基因组数据库。
    STYGENE沙门氏菌（Salmonella typhimurium ）LT2基因组数据库。
    SUBTILIST纤小杆菌（Bacillus subtilis ）168基因组数据库。
    WORMPEP蠕虫（Caenorhabditis elegans )基因组计划蛋白数据库。
    其它数据库　
    ECO2DBASE大肠杆菌（Escherichia coli）基因-蛋白两维凝胶数据库。
    GCRDBG-蛋白结合受体数据库(G-protein--coupled receptor database)。
    MIMMIM 人类孟德尔遗传学数据库（Mendelian Inheritance in Man Database）。
    PHDP放射杂交体数据库(The Radiation Hybrid Database)。
    AARHUS/GHENT-2DPAGE人角质化细胞（keratinocyte ）两维蛋白凝胶数据库（Aarhus and Ghent universities）。
    SWISS-2DPAGE日内瓦大学（the University of Geneva）人类两维凝胶蛋白数据库（Human 2D Gel Protein Database）。
    TRANSFAC转录因子数据库（Transcription factor database）。
    YEPD酵母电泳蛋白数据库（ Yeast electrophoresis protein database）。
    SRPDB信号识别位点数据库（Signal recognition particle database ）。
    EMP酶和代谢途径数据库（Database of Enzymes and Metabolic Pathways）。
    中国微生物资源数据库群中国微生物菌种目录数据库、 经济真菌多媒体数据库 、革兰氏阴性杆菌编码鉴定数据库、微生物物种编目数据库、国际微生物菌种数据网络MSDN中国国家节点、国际核酸序列数据库(DDBJ/GenBank/EMBL数据库)、国际微生物性状编码数据库、弧菌编码鉴定数据库、培养基数据库、亚洲石耳数据库、真菌新种数据库
    生物芯片?
    ScanAlyze 2.515.6M。进行微阵列荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。使用手册，1.3M，PDF格式，源代码，520K。原始网站。
    Cluster 2.205.2M。对大量微阵列数据组进行各种聚类（Cluster)分析与其它各种处理的软件，使用手册，290K。原始网站。
    TreeView 1.60 5.2M。用图形来显示Cluster软件分析的结果，用来发表。英文使用手册，290K，PDF格式。程序源代码，338K。原始网站。
    AMAD 1.012.4M。专门设计用于微矩阵的数据库，在支持Perl语言的Web服务器上使用。使用帮助见原始网站。
    ArrayMaker、v1.8.8升级文件2.3M与960K，美国stanford大学Brown实验室提供的基因芯片研究全套设备相配套的软件与文档，估计不能单独使用，也可做一个参考。升级文件直接覆盖同名文件便可。需先安装jogger，1.9M。相关帮助文档1与2，900K与100K，PDF格式。原始网站。
    J-Express pro 2.525M，是一个用JAVA语言写的应用程序，用来分析微阵列（microarray）实验获得的基因表达数据。需要下载安装JAVA运行环境JRE1.2后(5.1M)后，才能运行，使用手册，PDF格式，4M。原始网站。
    ArrayVision 8.0 R4 Demo117M。是一个用来方便定量基因表达阵列分析的软件。它提供了快速、自动分析阵列图像的方法。此为Demo版，可免费全功能使用28天。注意：只能在NT或者Win2000/Win XP下使用。安装序列号：ademo80r40。正式版：6900美元。原始网站。
    IconoClust 2.2 Demo12M，30天全功能演示版。专用微阵列图像分析软件。正式版420欧元。原始网站。
    clusfavor 6.072M。对微阵列数据进行聚类分析（cluster）并将图形存储成发表质量的JPG格式图形软件。英文使用手册。原始网站。
    GeneCluster 2.019M，进行聚类分析（cluster）软件。原始网站。
    MAExplorer Version 0.96.34.0114.5M，是一个基于JAVA程序的微阵列数据库数据采集软件，用来帮助发现和癌症、疾病相关的调节基因，可进行各种微阵列数据分析工作，直接链接到网上的各种基因组数据库。使用手册，4.7M。原始网站。
    FreeView和FreeOView176K，基于JAVA语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Treeview增强了某些功能，源代码，64K。需要安装JRE和 Java Advanced Imaging (JAI) version 1.1。原始网站。
    dchip 1.31.2M。DNA芯片分析软件，似乎是两个华人开发的软件，最好在WIN2000下运行。使用手册，PDF格式，530K。原始网站。
    SAM 1.21 24.5M。Significance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显著性分析软件，EXCEL软件的插件，Stanford大学编制，如果无法下载，请去原始网站自行注册下载。原始网站。
    BRB-ArrayTools 3.234.4M，显示和统计分析DNA微阵列基因表达数据软件包。使用手册，870K。原始网站。
    Pusamen 1.03M，微阵列数据管理和分析中文软件，经作者授权，在生物软件网发布。原始网站。
    AMADA 2.0.75.5M，是Analysis of Microarray Data的缩写，是一个集成软件，用来组织、研究、显示、分析微阵列(Microarray)数据。程序界面类似EXCEL,进行数据转换、主要组成分析、各种聚类分析与图形显示功能。香港大学Xia Xuehua所著。原始网站。
    DNA_MAP 1.08.2M，分析显示微阵列(Microarray)数据软件。原始网站。
    Gal File Maker v1.21.2M。数据转换软件，将96孔板文件转换为384孔板文件，将384孔板文件转换为GAL文件（Axon GenePix Gene Array List file）。原始网站。
    Array-A-Lizer 1.03 3.3M，DNA阵列实验结果快速分析软件。在对数据进行进一步分析前，用来快速确定DNA阵列实验数据的质量。源代码，3.6M。原始网站。
    cluster 3.0 700K，日本学者编写的cluster软件的增强版，增加了K-Means算法，以寻找最佳聚类结果。原始网站。
    ExpressionSieve Lite1.3M，微阵列数据分析与显示软件包简化版，JAVA语言写成。原始网站。
    GenePattern 1.2.1140M，MIT学者用JAVA语言编写的表达分析高级生物医学分析软件平台，除了进行微阵列分析以外，还可以进行多种数据分析、共享数据，并能以单机或者联机模式运行。原始网站。
    GenMAPP 2.030M，(Gene MicroArray Pathway Profiler)的缩写，将基因表达微阵列数据进行分析并图形化显示软件，以图形形式显示以体现生物学途径或者是基因的分组，原始网站。
    MADAM v4.057M，TIGR推出的微阵列分析软件包之一。MicroArray DAta Manager的缩写，微阵列数据管理器，用来将数据输入为交互数据库格式，并对数据进行管理。JAVA语言编写。使用手册，PDF格式，700K，演示幻灯片，PPT格式，3.4M。原始网站。
    Spotfinder v3.0 beta6.4M，TIGR推出的微阵列分析软件包之一。快速分析微阵列图像工具软件，定量化基因表达结果并输出为TAV格式、EXCEL格式或数据库格式。使用手册，PDF格式，700K。演示幻灯片，PPT格式，4.2M。原始网站。
    MIDAS 2.199M，TIGR推出的微阵列分析软件包之一。微阵列数据分析系统，Microarray Data Analysis System的缩写，除了以直观的图形显示所处理的数据，还对各种微阵列数据进行标准格式转换，输出格式为TAV格式。JAVA语言编写。使用手册，PDF格式，1.7M。演示幻灯片，PPT格式，4.8M。原始网站。
    MeV v3.0.331M，TIGR推出的微阵列分析软件包之一。MultiExperiment Viewer的缩写， 通用微阵列分析工具，运用各种算法对格式化好的微阵列数据进行聚类、统计、显示、分析。使用手册，PDF格式，7M。演示幻灯片，PPT格式，1M。原始网站。
    TreeArrage310K，对微阵列表达数据进行重新排序和聚类分析软件。如果无法下载，请自行到原始网站注册下载。原始网站。
    Java Treeview 1.0.81.5M，一个开放源代码的微阵列数据显示软件。Java语言写成。原始网站。
    EXPANDER 1.2.13M，(EXpression Analyzer and DisplayER)的缩写。基因表达与显示软件包。用JAVA语言写成，可对微阵列数据进行聚类分析、显示及处理。原始网站。
    OligoArray 2.18.6M。用于基因组规模微阵列的寡核苷酸探针设计软件，原始网站。

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    在线生物资源?
    BIOSCI/bionetWWW界面的生物学新闻组，直接用浏览器观看便可，类似于论坛与BBS。生物学的各个学科，均可以找到相应的新闻组。我便常常到Biosoft新闻组查看。还可以使用检索功能。
    ATCC美国菌种保藏中心，又称美国模式菌种收集中心(ATCC)，是位于马里兰洲洛克菲勒的一家私营的，非赢利性组织。目前它可以提供以下物品：细胞系（3000种）；细菌和噬菌体（15000种）；动植物病毒（2500种）；原生动物 1200种以及重组物品等。
    CMBO细胞与分子生物学在线（Cell and Molecular Biology Online）。提供了大量与之有关的资料与链接。
    EBI欧洲生物信息研究所(the European Bioinformatics Institute)，著名的生物信息门户网站，提供与生物学有关的各种信息、数据库、软件工具、基因组等。是一个生物学工作者必去的网站。
    ExPASy(Expert Protein Analysis System)日内瓦大学分子生物学服务站，提供与蛋白有关的各种在线工具。该服务站允许你在Geneva大学提供的链接数据库中进行检索，如Swiss-Prot，Prosite, Swiss-2Dpage，Swiss-3Dpage, Enzyme, CD40Lbase, SeqAnalRef以及其它参照数据库如EMBL/GenBank/DDBJ，OMIM，Medline, FlyBase, ProDom，SGD，SubtiList等。在该服务站中可以进入其它分析工具，以达到确定蛋白质的目的。比如分析蛋白质的序列以及高级结构。ExPASy同时提供许多用于这方面查询的文件，并与其它站点相连接。
    Genamics非常棒的分子生物学与生物化学资源站点，包括软件(在线与离线软件)搜索、期刊搜索、基因组搜索、书籍搜索等。如果你没有在我的网站找到你需要的软件，可以直接到这个网站查询，只要有，一定能找到。因为它是最全的。
    NCBI美国国立生物技术信息中心（The National Center for Biotechnology Information），分子生物学信息中心，网站设立公共数据库，开发软件工具分析基因组数据，提供了大量与基因、蛋白序列有关的信息与文献资料。是一个生物学工作者必去的网站。
    NLM美国国立医学图书馆（The National Library of Medicine）。世界上最大的医学图书馆，提供著名的MEDLINE文献检索。PubMed检索中文使用手册，174K。
    美国专利提供美国专利的检索与全文下载。变更网址后，下载全文需要收费了。好在有欧洲专利局的免费全文检索。
    欧洲专利