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    如何用pandas处理hdf5文件

    作者:古明地盆 时间:2021-05-23 18:30

    什么是HDF5

    HDF5:Hierarchical Data Format Version 5,对于存储大规模、具有相同类型的数据,HDF5是一种非常不错的存储格式,文件后缀名为h5。这种格式的文件的存储和读取速度非常快,并且我们可以把HDF5文件看成是一个"目录",它是分层次的,我们来看看如何操作。

    创建和读取HDF5文件

    import pandas as pd
    import numpy as np
    
    hdf5 = pd.HDFStore("hello.h5", mode="w", complevel=9)
    """
    path: 文件路径
    mode: 和python的open函数中的mode一致
    complevel: 压缩级别,默认是0到9。值越大,压缩程度越高,那么最终形成的文件所占的体积越小,但是相应的,在读取的时候用的解压缩的时间就越长
    """
    # 打印是一个HDFStore对象
    print(hdf5) # <class 'pandas.io.pytables.HDFStore'>
    
    # 存储数据,可以直接使用赋值的方式
    hdf5["series"] = pd.Series([1, 2, 3, 4, 5])
    hdf5["dataframe"] = pd.DataFrame(np.random.randint(3, 10, size=(8, 4)))
    # 除此之外,还可以使用put的方式
    """
    hdf5.put("series", pd.Series([1, 2, 3, 4, 5]))
    hdf5.put("dataframe", pd.DataFrame(np.random.randint(3, 10, size=(8, 4))))
    
    put函数里面支持如下参数:
    key:写入数据的key
    value:写入数据的value
    format:指定写出的模式,指定为"fixed",那么速度会快,但是不支持追加和查询。指定为"table",会以表格的模式写出,速度稍慢,但是支持追加和查询操作
    """
    
    # 我们可以通过items来查看相应属性,类似于字典的items
    print(list(hdf5.items()))
    """
    File path: hello.h5
    
    [('/dataframe', /dataframe (Group) ''
     children := ['axis0' (CArray), 'axis1' (CArray), 'block0_values' (CArray), 'block0_items' (CArray)]), ('/series', /series (Group) ''
     children := ['index' (CArray), 'values' (CArray)])]
    """
    # items不太好看,我们来看keys,查看keys,但是注意:没有values
    # 我们发现key是类似于目录一样的东西,名字就是我们设置的名字
    # 所以我们可以把HDF5看成是目录,里面不同的目录对应不同的内容
    print(hdf5.keys()) # ['/dataframe', '/series']
    
    # 查看元素直接调用即可
    print(hdf5["dataframe"])
    """
      0 1 2 3
    0 4 8 5 6
    1 4 6 7 9
    2 6 3 9 4
    3 8 9 3 9
    4 6 6 3 4
    5 6 9 9 8
    6 4 8 9 6
    7 9 5 8 8
    """
    
    # 删除某个key,调用remove
    hdf5.remove("series")
    print(hdf5.keys()) # ['/dataframe']
    
    # 如果想将数据保存到本地,那么调用close方法即可
    hdf5.close()
    # 查看数据流是否开启,返回False代表关闭了
    print(hdf5.is_open) # False
    
    # 另外创建HDF5文件,除了使用HDFStore,还可以通过先有的DataFrame进行操作。需要指定路径和key
    # df.to_hdf("xx.h5", key="key")

    下面来看看如何读取文件

    import pandas as pd
    import numpy as np
    
    # 将mode改成r即可
    hdf5 = pd.HDFStore("hello.h5", mode="r")
    # 或者
    """
    hdfs = pd.read_hdf("hello.h5", key="xxx")
    """
    # 至于操作我们上面已经介绍了

    hdf5这种格式是一种非常不错的格式,它无论是在存储方面和读取方面,文件大小和读取数据都比csv强不少,因此如果要存储大量的数据的话,那么hdf5这种文件格式是一种非常不错的选择。

    js
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