当前位置 主页 > 网站技术 > 代码类 >

    python读取dicom图像示例(SimpleITK和dicom包实现)

    栏目:代码类 时间:2020-01-17 06:10

    1. 用SimpleITK读取dicom序列:

    import SimpleITK as sitk
    import numpy as np
    img_path='F:\\dataset\\pancreas\\Output\\thick\\original\\1'
    mask_path='F:\\dataset\\pancreas\\Output\\thick\\groundtruth\\1'
     
    reader = sitk.ImageSeriesReader()
    img_names = reader.GetGDCMSeriesFileNames(img_path)
    reader.SetFileNames(img_names)
    image = reader.Execute()
    image_array = sitk.GetArrayFromImage(image) # z, y, x
     
    reader = sitk.ImageSeriesReader()
    mask_names = reader.GetGDCMSeriesFileNames(mask_path)
    reader.SetFileNames(mask_names)
    mask = reader.Execute()
    mask_array = sitk.GetArrayFromImage(mask) # z, y, x

    2. 用dicom读取单张dicom图像并显示:

    import dicom 
    import pylab  
     
    ds=dicom.read_file("F:\\dataset\\pancreas\\Output\\thick\\groundtruth\\1\\FILE0001_seg.dcm")  
    pixel_bytes = ds.PixelData 
     
    ##CT值组成了一个矩阵 
    pix = ds.pixel_array 
     
    ##读取显示图片 
    pylab.imshow(ds.pixel_array, cmap=pylab.cm.bone) 
    pylab.show() 
    如果要对dicom图像中的像素值进行修改,继续执行以下代码:
    
    ##修改图片中的元素,不能直接使用data_array,需要转换成PixelData 
    for n,val in enumerate(ds.pixel_array.flat): # example: zero anything < 300 
      if val < 300: 
        ds.pixel_array.flat[n]=0 
    ds.PixelData = ds.pixel_array.tostring() 
    ds.save_as("newfilename.dcm") 
    

    3. 此外,用pydicom也可读取dicom图像

    以上这篇python读取dicom图像示例(SimpleITK和dicom包实现)就是小编分享给大家的全部内容了,希望能给大家一个参考,也希望大家多多支持IIS7站长之家。